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Humboldt-Universität zu Berlin - Computer- und Medienservice

GNU Compiler

Die GNU -ompiler übersetzen Quelltexte in C, C++, F95. Für die GNU-Compiler muss kein Module geladen werden, die Pfade sind bereits beim Login eingestellt. Es gibt auch keine Überschneidungen zu anderen Compilern, da die Namen eindeutig sind. Der Aufruf der Compiler erfolgt mit den Kommandos:

gcc, g++, gfortran

Mit diesen Aufrufen werden serielle Programme erzeugt. Compilerläufe, die länger als 10 Minuten benötigen, sind im Batchbetrieb zu starten, damit sie auf einem der Knoten erfolgen und nicht auf dem Login-Knoten des Clusters.

qsub /perm/skripte/compile/run_gnu

ist ein Beispiel. Weitere Hinweise zum Abschicken von Jobs sind unter SGE zu finden.

Für parallele Programme, die unter OpenMPI laufen sollen, ist zusätzlich die OpenMPI Umgebung für den Compiler einzustellen. Diese wird mit Hilfe des entsprechenden Modules geladen.

module load openmpi-14-gnu 

Die OpenMPI-Compiler Kommandos

mpicc mpicxx mpif77 mpif90

stehen dann im Suchpfad bereit. Ein Beispiel für die Übersetzung mit OpenMPI und dem GNU-Compiler wird durch das Abschicken des folgenden Skriptes gerechnet.

qsub /perm/skripte/ompi/run_ompi_8