Direkt zum InhaltDirekt zur SucheDirekt zur Navigation
▼ Zielgruppen ▼

Humboldt-Universität zu Berlin - Computer- und Medienservice

R Software

Die CRAN-Software (Comprehensive R Archive Network) ist eine frei verfügbare Sprache und Umgebung für statistische Berechnungen und Grafiken.
Sie liefert eine Vielfalt an statistischen und grafischen Techniken: lineare und nichtlineare Modellierung, statistische Tests, zeitliche Analysen, Klassifizierungen, Clusterungen usw.
Die CRAN Software ist auf den Konten des Compute-Clusters installiert.

R Berechnungen werden über den Batchservice gestartet. Das heißt, es müssen die R-Kommmandos in ein Batchskript eingefügt werden, das dann an eine Warteschlange geschickt wird. Der Scheduler startet den Job auf einem der Knoten. Hier ein Beispiel, das nur eine Ausgabe druckt und an die Queue short abgeschickt wird

cd 
cp /perm/skripte/misc/run_R_short .
-> vi run_R_short  -> E-Mmail anpassen und ...
qsub  run_R_short

Mit bjobs kann man den Jobstatus kontrollieren. Das Skript wartet in der Queue ser64 bis ein freier Slot auf einem der Knoten zur Verfügung steht und schickt eine E-Mail sobald der Job gestartet wurde. In der E-Mail steht auch der Name des Knotens und die Job-Id. Die Ausgabe in dem genannten Beispiel steht dann unter Jobid.out und unter druck.out.